公司合并通行的分类方式分为：
(1)吸收合并(存续合并)：
即参与合并的一家公司存续，吸收其他公司，其他公司解散。
(2)新设合并(解散合并)：
即参与合并的各公司合并到一起设立一家新的公司，参加合并的各公司全部解散。
从实操角度看，说参加合并的公司解散不如说参加合并的公司注销更为准确，因为合并情形下的解散虽然公司不复存在，但是其民事权利、义务有法定的继承者，并不归于消灭，其民事关系可以继续。
实务中还存在这样一种分类：
(1)简单合并：
即参加合并前的各公司的股东及股东的持股比例与合并后的公司的股东及持股比例相同的合并，这种合并多发生在企业集团内部的股权整合中。这种合并在实务上非常简单，股东与股东之间无须就自己在合并后的公司的持股比例讨价还价，股东无因合并所致的得失可言，等于是将原来放在两个口袋的钱放到一个口袋中了。
(2)复杂合并：
即参加合并前的各公司的股东及股东的持股比例与合并后的公司的股东及持股比例不同的合并，这种合并多发生在企业合并并购中。这种合并不仅参加合并的各公司股东不同，而且各公司财务账目上相同金额的资产价值含量也不相同(甲公司财务账上的1元钱的价值含量可能大于或小于乙公司财务账上的1元钱)，因此不能简单根据参加合并的各公司的财务报表计算股东在合并后的公司的持股比例。应当对参与合并的各公司的资产和负债进行评估，根据评估结构再由各方进行协商，确定参与合并各公司股东拥有的权益额，并据此确定参加合并的各公司的各股东在合并后公司中的持股比例。可见，复杂合并甚至比单纯的股权转让还复杂，相当于买卖合同中的“以物易物”，需要双向同时作价。